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美国国立卫生研究院赵可吉研究员作了题为“细胞异质性的表观遗传机制”的精彩报告

日期:2019-10-20

  10月18日,美国国立卫生研究院资深研究员赵可吉应邀来访南科大生物系,做客“南科大生命卓越论坛”,为南科大师生带来了题为“Epigenetic Mechanisms of Cellular Heterogeneity in Gene Expression”的学术讲座。

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  讲座开始前,南科大生物系副教授靳文菲介绍说:“美国的表观遗传学者们经常说‘Keji always has exciting story’。今天,我们非常荣幸地邀请到赵可吉研究员来分享他的成果“。

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  赵可吉首先介绍了组织是由多种存在异质性的细胞组成,甚至是看起来均质的细胞群体,其对环境刺激的反应也存在异质性。为了解析细胞异质性产生的机制,赵可吉博士详细、生动地讲解了实验室开发scDNase-seq、scMNase-seq、scChIC-Seq、ACT-Seq和iACT-Seq等一系列单细胞表观基因组检测技术的背景、最初想法、设计、优缺点等。同时讲解了应用这些技术揭示的核小体分布规律、组蛋修饰的细胞差异、增强子-启动子互作、启动子的选择性利用等表观机制。讲座最后,他提到之后会从DNA甲基化的异质性和染色质三维结构异质性进一步开展工作,完善我们对表观异质性的认识。

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  在问答环节中,南科大师生就数据处理时的离群值(outliers)处理、细胞周期的影响、单细胞测序中的噪音处理、实验中的优化策略、相关性高低的定义、细胞异质性和进化的关系等方面提出一系列有趣的问题,赵可吉根据自己的专业知识、经历进行了解答和探讨。

 

赵可吉简介:

赵可吉研究员1996年获得日内瓦大学博士学位;1999年加入NIH心肺血液研究所(NHLBI)建立自己的实验室;2011年起任系统生物学中心主任。

赵可吉实验室在免疫细胞表观遗传调控方面做出了众多国际领先水平的杰出成果,开发了ChIP-Seq、ChlP-SAGE、MNase-Seq、scDNase-Seq、scMNase、scChIC-Seq、ACT-Seq、Trac-looping等被广泛使用的表观基因组研究技术。因其表观基因组领域的贡献获得2011年美国国立卫生研究院院长奖,2012年当选美国科学促进会会士。

 

供稿:靳文菲课题组

文字:王伟

编辑:付文卿

摄影:付文卿